Kuinka tomaattien väärinkäsitys haisevina "myrkkyomenoina", jotka aiheuttivat oksentelua, sai ihmiset pelkäämään niitä yli 200 vuoden ajan. Kasvin pitkä ja vaikea historia osoittaa, että sillä oli alusta alkaen epäoikeudenmukainen maine.
Andrew F. Smithin teoksessa ”The Tomato in America: Early History, Culture, and Cookery”
tomaatti on peräisin Länsi-Etelä-Amerikan rannikkoylängöltä. Villikasveja voi edelleen löytää Perun, Ecuadorin ja Pohjois-Chilen rannikkovuoristoista. Ei ole löydetty todisteita siitä, että mikään Etelä-Amerikan alkuperäiskansa olisi viljellyt tai edes syönyt tomaatteja ennen Espanjan valloitusta. Luonnollisin keinoin, luultavasti kilpikonnien syömänä Etelä-Amerikassa, villitomaatit siirtyivät Galápagossaarille. Tuntematonta kautta Lycopersicon siirtyi Keski-Amerikkaan. Mayat ja muut Mesoamerikansat kesyttivät kasvin ja käyttivät sen hedelmiä ruoanlaitossa. Villikomato oli kaksisoluinen. Tapahtui geneettinen mutaatio, joka tuotti monisoluisen, suuren ja möykkyisen hedelmän. Keski-Amerikan maanviljelijät vaalivat ja kehittivät tätä mutaatiota. Nykyiset suuret, sileäkuoriset hedelmät ovat pääasiassa risteytyksiä suurten, möykkykuoristen mutaatioiden ja sileäkuorisen kirsikkatomaatin välillä. Useimmat tarkkailijat ovat epäilleet, että tomaatit tulivat myöhään mesoamerikkalaisten ravinnonlähteeksi (mesoamerikan paleointiaanikausi on kiinnostava). Atsteekit omaksuivat ne helposti, luultavasti niiden samankaltaisuuden vuoksi tomatin kanssa – kasvin, jonka uskotaan olevan alkuperäinen Meksikon ylängöiltä. Tomatlin hedelmä oli pieni, ulkonäöltään vihreä tai keltainen, maultaan hapan ja peittynyt paperinohuella kalvolla. Atsteekit nimesivät uuden kasvin xitomatliksi eli suureksi tomaatliksi. 1500-luvulle tultaessa tätä hedelmää viljeltiin ainakin Meksikon eteläosassa. Espanjalaiset kohtasivat sen ensimmäisen kerran Hernán Cortésin aloitettua Meksikon valloituksensa vuonna 1519.Yleisenä käytäntönä espanjalaiset
levittivät haluttuja hedelmiä ja vihanneksia kaikkialle valtakuntaansa. Vaikka
kirsikkatomaatti oli kotoisin Perusta ja Pohjois-Chilestä, ei ole löydetty
todisteita siitä, että tätä suurta, möykkyistä tomaattia olisi viljelty tai
kulutettu Etelä-Amerikassa ennen Espanjan valloitusta. Espanjalaiset toivat
tomaatin myös Karibialle ja Filippiineille. Filippiineiltä sen kulttuuri levisi
Kaakkois-Aasiaan ja lopulta muualle Aasiaan. Espanjalaisten kautta tomaatti ja
kuoritomaatti levisivät myös Eurooppaan. Vain tomaatti menestyi. Menestyksen
syy on saattanut olla kasvitieteellinen. Vaikka tomaatteja oli viljelty
Manner-Euroopassa 1540-luvulta lähtien, niitä ei viljelty Englannissa ennen
1590-lukua. Parturi-kirurgi John Gerard istutti niitä Holborniin College of
Physiciansin puutarhoihin, joita hän valvoi. Tuolloin kasvitieteilijät
hyväksyivät tomaatin myrkyllisyyden. Nämä kielteiset näkemykset vallitsivat
Britanniassa ja brittiläisissä Pohjois-Amerikan siirtokunnissa yli kahdensadan
vuoden ajan.